如何验证CARM1与HIF1A互作?
第一步,筛选CARM1的互作蛋白
通过anti-Flag-CARM1 IP-MS鉴定与CARM1相互作用的蛋白,分析显示CARM1与HIF1A存在关联(图1a)。
第二步,验证CARM1与HIF1A相互作用
在常氧和缺氧条件下,进行Co-IP分析,CARM1和HIF1A相互作用(图1b-e)。此外,GST pulldown实验也证实CARM1与HIF1A互作(图1f-g)。
第三步,确定CARM1与HIF1A互作具体位置
构建截短载体GST-CARM1-EVH1结构域(1-140 aa)、GST-CARM1-cat(141-480 aa)和GST-CARM1-c(481-608 aa),进行GST pulldown实验,表明CARM1的EVH1结构域负责与HIF1A相互作用(图1h-j)。此外,构建突变体进行GST pulldown实验,CARM1-∆EVH1(141-608 aa)不能与HIF1A相互作用,甲基转移酶失活的CARM1-R168A突变体不影响CARM1与HIF1A的相互作用(图1k),即这种相互作用不是一种翻译后修饰(PTM)的方式。
同样,构建GST-HIF1A bHLH结构域(1-80 aa)、GST-HIF1A-PAS (81-350 aa)、GST-HIF1A-ODD (351-600 aa)和GST-HIF1A-TAD(601-826 aa)进行GST pulldown实验,显示HIF1A的TAD结构域负责与CARM1相互作用(图1l-m)。
第四步,CARM1与HIF1A互作结合CDK4、Cyclin D1、β-Catenin、HIF1A、MALAT1和SIX1的启动子,调控其表达
用含缺氧反应元件(HREs)的pGL4.42载体转染细胞,检测常氧和缺氧条件下荧光素酶的活性(图1n),发现CARM1直接调控缺氧信号通路。BIOBASE分析显示CDK4、Cyclin D1、β-Catenin、HIF1A、MALAT1和SIX1的启动子都具有潜在的HIF-1结合序列(图1o)。表明,CARM1直接与HIF1A相互作用,并调节其表达。
全文分享:《Protein Cell》解读:CARM1与HIF1A互作结合至多个靶点启动子,协调促进三阴性乳腺癌(TNBC)的进展。
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